Pernegg liegt im nördlichen Niederösterreich, genauer im Waldviertel, und ist Teil des Bezirks Horn. Etwa acht Kilometer nördlich der Bezirkshauptstadt Horn durchzieht die Bundesstraße B4 den Ort, die von Stockerau über Maissau bis nach Geras führt. Auf einer Fläche von rund 36 Quadratkilometern ist der Ort zu etwa 43 Prozent bewaldet.
Die erste urkundliche Erwähnung Pernegger stammt aus dem Jahr 1112, als eine Chronik des Stiftes St. Georgen darauf Bezug nahm. Im Jahr 1153 gründete Graf Ulrich II. von Pernegg hier ein Kloster, das zunächst als Frauenkloster diente. Im 15. Jahrhundert wurde es von Hussiten geplündert, später in ein Männerkloster umgewandelt und mehrfach wiederaufgebaut. Im Jahr 1230 erhielt der Ort das Marktrecht und wurde zum Markt erhoben.
Der Ort besteht aus acht Ortsteilen, darunter Etzelsreith, Lehndorf und Raisdorf. Bekannt ist Pernegg vor allem durch das ehemalige Kloster, das bis heute das Ortsbild prägt. Eine bedeutende historische Persönlichkeit war Boček von Jaroslavice und Zbraslav, der einst über das Gebiet herrschte.
