Thayngen liegt im Reiat, nordöstlich der Stadt Schaffhausen, und wird vom Flüsschen Biber durchzogen. Der Chapf erhebt sich mit etwa 550 Metern über dem Meeresspiegel und überragt das Dorf. Mit einer 12 Kilometer langen Grenze zu Deutschland ist Thayngen eine der wenigen Schweizer Gemeinden, die mehr Nachbarland als Binnenland berühren.
Die Geschichte des Ortes reicht bis in die Steinzeit zurück, als Rentierjäger die Höhle Kesslerloch nutzten. Später entstanden Pfahlbauten im Gebiet Weier, die heute zum UNESCO-Weltkulturerbe zählen. Im Mittelalter entwickelte sich Thayngen aus alamannischen Siedlungen zu einem Ort unter wechselnden Herrschaften, bis es schließlich an Schaffhausen fiel. Berühmte Ereignisse wie der Thaynger Sturm im Schwabenkrieg oder ein versehentlicher Bombenangriff im Zweiten Weltkrieg prägten den Ort weiter.
Heute ist Thayngen bekannt für seine steinzeitlichen Fundstätten und die gut erhaltenen Pfahlbauten. Die Gemeinde vereint mehrere Ortsteile und zeichnet sich durch eine niedrige Steuerquote aus. Neben evangelischen und katholischen Kirchen gibt es auch eine Freie Evangelische Gemeinde. Die Landschaft um den Chapf und das Tal der Biber lädt zu Wanderungen ein.
