Sainte-Euphémie liegt im Südwesten des Départements Ain, nahe der Grenze zur Region Auvergne-Rhône-Alpes, etwa auf halber Strecke zwischen Lyon und Mâcon. Das Dorf breitet sich am Übergang vom Saône-Tal zur Hochebene der Dombes aus, wo zwei Bäche, der Formans und der Morbier, das Gelände durchziehen. Die höchste Erhebung erreicht 261 Meter, während der Ortskern auf 210 Metern Höhe liegt. Die Gemeinde umfasst mehrere Weiler wie Le Montferrand oder Les Bruyères de Sainte-Euphémie, die sich über die Hochebene und die Talhänge verteilen.
Frühe Funde wie ein Bronzemesser und römische Münzen belegen eine Besiedlung bereits in der Antike. Im Mittelalter trug der Ort den Namen Juviniacum, später wurde er nach der Heiligen Euphemia von Chalkedon umbenannt. Eine Kirche ist seit dem Hochmittelalter belegt, und das Priorat der Abtei Île Barbe prägte die Region. Im 16. Jahrhundert gehörte Sainte-Euphémie zum Fürstentum Dombes, bevor es 1762 an Frankreich fiel.
Heute ist das Dorf vor allem durch Landwirtschaft und Kleingewerbe geprägt, hat sich aber zunehmend zu einer Wohngemeinde entwickelt. Die neuromanische Kirche Sainte-Euphémie aus dem 19. Jahrhundert und das im 16. Jahrhundert erbaute Château du Boujard zählen zu den Sehenswürdigkeiten. Die Landschaft mit ihren Bächen und Mühlen sowie die Nähe zu Lyon machen den Ort zu einem ruhigen Rückzugsort.
