Agonges liegt im Herzen der Region Auvergne-Rhône-Alpes, eingebettet in die fruchtbare und waldreiche Landschaft des Bourbonnais auf etwa 235 Metern Höhe. Die Gemeinde ist von mehreren Weilern und Einzelhöfen umgeben und grenzt im Norden an Aubigny, im Osten an Montilly und im Süden an Saint-Menoux. In der Nähe befinden sich die Städte Moulins etwa 18 Kilometer südöstlich und Nevers rund 55 Kilometer nördlich.
Erstmals urkundlich erwähnt wird Agonges im Jahr 1138 unter dem Namen Sanctae Mariae de Agongis, wobei Ort und Kirche zur Abtei Saint-Menoux gehörten. Bis zur Französischen Revolution stand die Gemeinde unter dem Einfluss des Bistums Bourges. Im Jahr 1807 wurde die benachbarte Gemeinde Le Breuil eingemeindet. Die Einwohnerzahl stieg im 19. Jahrhundert zunächst an, sank jedoch später durch die Reblauskrise und die Mechanisierung der Landwirtschaft deutlich.
Besonders sehenswert ist die ehemalige Prioratskirche Notre-Dame, ein romanischer Bau mit Querschiff und einem markanten Südturm, der mit einem Fries verziert ist. Auch mehrere Schlösser wie das Château de l’Augère oder das Château de Beaumont prägen das Bild der Gemeinde. Einige leerstehende Häuser wurden zu Ferienwohnungen umgebaut, und der Ort lebt heute von Landwirtschaft und Weinbau, der nach der Reblauskrise wiederbelebt wurde.
