Uppsala liegt in der schwedischen Provinz Uppland, etwa 70 Kilometer nördlich der Hauptstadt Stockholm. Der Fluss Fyrisån durchzieht die Stadt und mündet weiter südlich in den Mälaren. Geprägt wird die Landschaft von einem langen Geröllrücken aus der letzten Eiszeit, der Uppsalaåsen, der sich über weite Teile Südschwedens erstreckt. Die Stadt erstreckt sich teilweise am Fuße dieses Rückens und teilweise auf ihm.
Ursprünglich trug der Ort den Namen Aros, später Östra Aros, um Verwechslungen mit Västerås zu vermeiden. Der Name bedeutet Flussmündung und bezog sich auf die Mündung des Fyrisån in einen Fjord, der in der Wikingerzeit eine Verbindung zur Ostsee bildete. Mit der Landhebung und Verlandung verlor der Fjord seine Bedeutung, und der Hafen verlagerte sich. Alt-Uppsala, heute Gamla Uppsala, war einst ein heidnisches Zentrum und wichtiger Ting- und Marktplatz. Nach der Christianisierung wurde es zum Bischofssitz, doch die Stadt verlor an Einfluss, bis der Erzbischofssitz schließlich nach Östra Aros verlegt wurde. Der Name Uppsala setzte sich durch, nachdem der Bischofssitz 1273 dorthin umgezogen war.
Heute ist Uppsala vor allem als Universitätsstadt bekannt, die 1477 gegründete Universität Uppsala ist die älteste Skandinaviens. Die Stadt beherbergt den Sitz des Erzbischofs der Schwedischen Kirche und ist ein bedeutendes religiöses Zentrum. Historische Kirchen wie die Dreifaltigkeitskirche und die St.-Per-Kirche prägen das Stadtbild. Im 17. Jahrhundert förderte Olof Rudbeck der Ältere die Entwicklung der Universität, doch ein Großbrand warf die Stadt zurück. Dennoch blieb Uppsala ein wichtiger Ort für Krönungen und politische Treffen, etwa die Synode von 1593, die die kirchlichen Verhältnisse neu ordnete.