Pruntrut liegt im Nordwesten des Kantons Jura, eingebettet in die sanften Hügel der Ajoie. Die Stadt breitet sich in einer weiten Talniederung aus, die von der Allaine durchflossen wird, einem Fluss, der hier von Westen nach Norden abbiegt. Die Altstadt thront leicht erhöht über dem Tal, während sich im Süden die Höhenzüge von Le Banné und La Perche erheben. Im Westen prägen Wälder und Hügel wie Petit Fahy und Grand Fahy das Bild, im Norden erstreckt sich der Bois de Sapins. Die Gemeindefläche umfasst auch Trockentäler und Einzelhöfe, die sich über das Gelände verteilen.
Die Wurzeln Pruntruts reichen bis in die galloromanische Zeit zurück, als hier ein Tempel und römische Münzen gefunden wurden. Erstmals urkundlich erwähnt wird der Ort 1136 unter dem Namen de Purrentru, der sich vermutlich von einer Brücke der Ragintrud ableitet. Die Stadt wechselte mehrfach die Herrschaft: Zunächst unterstand sie der Grafschaft Mömpelgard, dann dem Fürstbistum Basel, das sie 1283 zur freien Reichsstadt erhob. Nach Verpfändungen und Rückeroberungen wurde Pruntrut im 16. Jahrhundert unter Fürstbischof Blarer von Wartensee zu einer blühenden Stadt ausgebaut, bis der Dreißigjährige Krieg diese Entwicklung jäh beendete.
Pruntrut besticht durch sein historisches Zentrum, das 1988 mit dem Wakkerpreis ausgezeichnet wurde. Das Schloss, das Jesuitenkollegium und die Synagoge zeugen von der bewegten Vergangenheit. Die Stadt war einst ein geistiges Zentrum des Berner Juras und beherbergte bedeutende Persönlichkeiten wie den sozialdemokratischen Politiker Pierre Nicol. Maler wie Willi Nicolet prägten das Bild der Region, während das Bahnhofsgebäude an die einstige Bedeutung als Verkehrsknotenpunkt erinnert. Heute ist Pruntrut eine zweisprachige Stadt, in der Französisch dominiert, doch auch deutsche und italienische Einflüsse spürbar sind.
