Pregarten liegt im oberen Teil Oberösterreichs, im Mühlviertel, auf einer Höhe von etwa 425 Metern. Der Ort breitet sich auf einer Anhöhe nahe der Feldaist aus und grenzt direkt an die Nachbargemeinden Wartberg und Hagenberg. Die Landschaft ist geprägt von sanften Hügeln, und die Stadt erstreckt sich über rund 28 Quadratkilometer, wobei der Hauptort selbst auf einer kleinen Erhebung im Zentrum liegt.
Die ersten Spuren menschlicher Besiedlung reichen bis in die Jungsteinzeit zurück, doch der Name deutet auf slawische Wurzeln hin. Um das Jahr 1230 wird Pregarten erstmals urkundlich erwähnt, damals noch als kleines Dorf mit Marktrecht. Im Mittelalter lebten die Menschen vor allem von der Landwirtschaft und dem Weberhandwerk. Mehrfach wurde der Ort durch Kriege und Einfälle verwüstet, etwa durch hussitische Truppen oder während des Bauernkriegs. Im 16. Jahrhundert gewann der Protestantismus an Einfluss, doch nach der Gegenreformation setzte sich wieder der Katholizismus durch.
Heute prägen historische Bauwerke wie die Pfarrkirche aus dem späten 19. Jahrhundert das Bild der Stadt. Die Umgebung mit ihren sanften Hügeln und Wäldern lädt zu Spaziergängen ein. In der Geschichte des Ortes finden sich auch dunkle Kapitel, etwa die NS-Zeit, als Pregarten Teil einer Großgemeinde wurde und unter den Folgen des Krieges litt. Dennoch blieb der Ort stets ein lebendiger Teil des Mühlviertels.