Perrignier liegt im französischen Département Haute-Savoie, eingebettet in ein hügeliges Moränenland am Nordrand der Savoyer Voralpen. Das Gemeindegebiet erstreckt sich über ein sanft nach Norden geneigtes Plateau, das vom Ruisseau du Redon und seinen Bächen zum Genfersee entwässert wird. Die höchste Erhebung, der Hügel La Maladière, erreicht 753 Meter. Zu den Weilern zählen Brécorens, Le Petit Lieu, Fougueux und Le Villard, die sich zwischen 540 und 623 Metern Höhe verteilen. Nachbarorte sind Margencel und Allinges im Norden, Draillant im Osten, Cervens im Süden sowie Lully und Sciez im Westen.
Frühe Spuren einer Besiedlung stammen aus der Jungsteinzeit, doch die erste urkundliche Erwähnung fällt ins 12. Jahrhundert mit der Gründung eines Zisterzienserpriorats. Dieses wurde später zur Abtei ausgebaut, doch 1536 zerstörten Berner Truppen das Kloster. Ein kurzer Abschnitt der Geschichte prägte Perrignier besonders: Von 1974 bis 2000 gehörte auch Draillant zur Gemeinde, bevor es wieder selbstständig wurde.
Die Dorfkirche aus dem Jahr 1846 und die Kirche von Brécorens aus den Jahren 1848 bis 1851 sind heute die markantesten Bauwerke. Reste der ehemaligen Abtei zeugen noch von der einstigen Bedeutung des Ortes. Wirtschaftlich war Perrignier lange von der Landwirtschaft geprägt, doch heute dominieren Kleingewerbe, Handel und eine Industriezone am westlichen Ortsrand. Viele Einwohner pendeln in die umliegenden Städte wie Thonon-les-Bains. Die Gemeinde ist verkehrlich gut angebunden durch die D903 und eine Bahnlinie, die von Annemasse nach Thonon-les-Bains führt.
