Morteau liegt im Juragebirge nahe der Schweizer Grenze, wo der Doubs durch ein ruhiges Tal fließt. Die Gemeinde gehört zum Naturpark Doubs-Horloger und ist Teil des Départements Doubs in der Region Bourgogne-Franche-Comté.
Erstmals taucht der Ort im Jahr erwähnt auf, als Mönche aus Cluny hierherkamen, um die karge Landschaft urbar zu machen. Später prägten Pest, Kriege und Brände das Schicksal der Bewohner, die sich immer wieder neu ansiedelten. Ein prägendes Bauwerk ist das Renaissance-Schloss, das einst einem Schweizer gehörte und heute den Namen Pertusier trägt.
Heute ist Morteau bekannt für seine Uhrenindustrie, die bis ins 17. Jahrhundert zurückreicht. Ein Museum im Schloss zeigt diese Tradition. Berühmt ist auch die geräucherte Wurst Saucisse de Morteau, zu deren Ehren jedes Jahr ein Fest mit Umzug gefeiert wird. Zudem ist der Ort ein wichtiger Grenzübergang mit Eisenbahnverbindung in die Schweiz.
