Elsfleth liegt an der Nordseite der Hunte, kurz vor deren Mündung in die Weser, und gehört zur flachen Marschlandschaft der Wesermarsch. Die Stadt Oldenburg befindet sich südwestlich, während Bremen in südöstlicher Richtung liegt. Im Norden grenzt sie an Ovelgönne, im Nordosten an Brake, und im Osten trennt die Weser die Stadt von Schwanewede. Die Landschaft ist geprägt von Entwässerungsgräben, Kanälen und ausgedehnten Moorgebieten wie dem Hammelwarder Moor.
Erstmals erwähnt wurde der Ort im Jahr als Elsflete, wobei sich der Name aus „Else“ für Erle und „vlêt“ für Gewässer ableitet. Im 17. Jahrhundert gewann Elsfleth als Standort des Weserzolls an Bedeutung, der für die Grafschaft Oldenburg wichtig war. Im 19. Jahrhundert entwickelte sich neben dem Hafen auch eine Schiffbauindustrie, begleitet von einer Seefahrtschule. Bis 1933 war die Stadt Sitz des Amtes Elsfleth.
Heute ist Elsfleth bekannt für seine maritime Tradition, die sich in Bauwerken wie der Seefahrtschule widerspiegelt. Die umliegenden Moore und Feuchtgebiete, darunter das Naturschutzgebiet Gellener Torfmöörte mit Rockenmoor und Fuchsberg, prägen die ökologisch wertvolle Umgebung. Regelmäßig überflutete Wiesen wie der Moorhauser Polder bieten Zugvögeln einen wichtigen Rastplatz.
